１４６１年、応仁の乱前夜の京
。
大飢饉と疫病が同時にこの国を襲った。
加茂川ベリにはたった二ヶ月で八万を超える死体が積まれ、
人身売買、奴隷労働が横行する中世の暗黒時代
。
しかし、時の権力者は無能で享楽の日々を過ごすばかり。
貨幣経済が進み、富める者はより一層富み、
かつてない格差社会となっていた。
蓮田兵衛は、己の腕と才覚だけで混沌の世を泳ぐ自由人。
しかし、ひそかに倒幕と世直しを画策する無頼漢。
京とその周辺の悲惨な状況と窮民を見た兵衛は、
立ち上がる時を狙っていた…！
一方、才蔵はすさまじい武術の才能を秘めながらも
天涯孤独で夢も希望もない日々を送っていた。
しかし、兵衛に見出され、鍛えられ、彼の手下となる。
やがて、決死の修行を生き延びた才蔵の武器となるのは、
“六尺棒”。修行を終えた時、
超人的な棒術を身につけた才蔵の前に敵は無い―。
時は来た―
才蔵だけでなく、抜刀（後の居合）術の達人、槍使い、
金棒の怪力男、洋弓の朝鮮娘ら、
個性たっぷりのアウトローたちを束ねる兵衛。
ついに巨大な権力に向けて空前の大暴動を仕掛ける。
行く手を阻むのは、
兵衛のかつての悪友・骨皮道賢率いる幕府軍。
“髑髏の刀”を手に一党を動かす道賢を前に、
兵衛は命を賭けた戦いに挑む。
